Istodobno je odbačena žalba za osuđujući dio presude i Tužilaštva BiH i Odbrane, zbog čega je Baotić osuđen na deset godina zatvora.
Baotić je osuđen zbog optužbi da je, kao komandir drugog odjela Vojne policije Hrvatskog vijeća obrane (HVO), silovao Mariju Tunde-Benković te zaštićene svjedokinje S-4 i S-5, kao i da je maltretirao Jovana Cvijanovića dok je bio zatvoren u Osnovnoj školi u Donjoj Mahali (općina Orašje) i to udarajući ga “metalnim lancem za pse”.
Baotić je bio oslobođen optužbi da je nanosio tešku fizičku i psihičku bol, maltretirao i premlaćivao veći broj civila u periodu od maja do augusta 1992. godine. Za ovaj dio presude Apelaciono vijeće je prihvatilo žalbene navode Tužilaštva BiH, i Baotiću će se ponovno suditi.
Tužilaštvo BiH je u žalbi tražilo da se prvostepena presuda preinači i izrekne duža kazna zatvora.
S druge strane, Odbrana Baotića se žalila zbog povrede krivičnog postupka te pogrešno i nepotpuno utvrđenog činjeničnog stanja, zatraživši da se presuda promijeni i njihov branjenik oslobodi ili suđenje obnovi.
