Nakon ukidanja pravosnažne presude Ljubiši Vranješu za zločin počinjen u Kotor-Varoši pred Apelacionim vijećem Suda BiH nije se pojavio advokat, dok je Tužilaštvo istaklo da ostaje kod ranije izmijenjene optužnice.
Sud BiH smanjio je kaznu Mladenu Miliću za zločin počinjen u Kotor-Varoši za godinu dana, primjenivši kao blaži zakon bivše Jugoslavije, koji je važio u vrijeme izvršenja djela.
Apelaciono vijeće Suda BiH smanjilo je kazne Ljubiši Vranješu i Mladenu Miliću za po dvije godine zatvora, osudivši ih na po osam godina za zločin protiv civilnog stanovništva počinjen u Kotor-Varoši u junu 1992. godine.
Iznoseći žalbe na prvostepenu presudu kojom su Ljubiša Vranješ i Mladen Milić osuđeni na po deset godina zatvora za zločin u Kotor-Varoši, Tužilaštvo BiH zatražilo je od Apelacionog vijeća Suda BiH da optuženima izrekne veću kaznu, dok je Odbrana zatražil
Sud BiH je prvostepenom presudom osudio Ljubišu Vranješa i Mladena Milića na po 10 godina zatvora za pomaganje u ubistvu civila u Kotor-Varoši u junu 1992. godine.
Nakon prihvatanja izmjena optužnice Tužilaštva BiH, Sudsko vijeće je odlučilo da će 5. oktobra obići mjesto gdje se desio ratni zločin u Kotor-Varoši za koji se terete Ljubiša Vranješ i Mladen Milić.
Kao posljednja svjedokinja Tužilaštva BiH na suđenju Ljubiši Vranješu i Mladenu Miliću, svjedočila je supruga Zdravka Grgića, za čije ubistvo se terete optuženi.
Na suđenju za zločin u Kotor-Varoši, svjedok Odbrane je rekao da je bio prisutan kada je optuženi Mladen Milić dobio poziv da odveze braću Grgić u pritvor, te da je nekoliko dana kasnije saznao da su oni ubijeni.