Bivši načelnik Službe državne bezbjednosti (SDB) Srbije, Stanišić je zajedno sa operativcem te službe Frankom Simatovićem Frenkijem optužen za ratne zločine nad Hrvatima i Muslimanima počinjene u periodu od 1991. do 1995. godine.
Ponovljeni haški proces protiv Stanišića i Simatovića počeo je u Haagu 13. juna prošle godine, a Stanišić je, zbog bolesti, od 21. jula 2017. na privremenoj slobodi u Beogradu.
Prema ranijim nalazima ljekara u Haagu i Beogradu, Stanišić pati od hronične bolesti organa za varenje i depresije.
Prije nego što je pušten na privremenu slobodu, Stanišić se odrekao prava da prisustvuje procesu, na kojem ga zastupaju njegovi branioci.
Raspravno vijeće je naložilo ljekarima sa beogradske Vojnomedicinske akademije (VMA) koji liječe Stanišića da nastave da Sud redovno izvještavaju o njegovom stanju.
Donoseći odluku da produže Stanišićev boravak na privremenoj slobodi, sudije su konstatovale da se on do sada pridržavao svih propisanih uslova.
Od kada su se u haškom pritvoru našli prvi put 2003. godine, nakon što ih vlasti Srbije uhapsile poslije ubistva premijera Zorana Đinđića, Stanišića i Simatovića je Sud više puta puštao na privremenu slobodu.
Prema podacima njegove Odbrane, Stanišić je duže od šest godina proveo na privremenoj slobodi, a više od pet godina u pritvoru.
Stanišića i Simatovića optužnica tereti za progon, ubistva, deportacije i prisilno premještanje hrvatskih i muslimanskih civila tokom ratova u Hrvatskoj i BiH. U četiri tačke optuženi su za zločin protiv čovječnosti, a po petoj za kršenje zakona i običaja ratovanja.
Zločini za koje su optuženi Stanišić i Simatović počinjeni su, kako tvrde tužioci, tokom sprovođenja udruženog zločinačkog poduhvata, čiji je cilj bilo trajno i nasilno uklanjanje Hrvata i Muslimana sa velikih dijelova Hrvatske i BiH, radi ostvarivanja srpske dominacije. Na čelu zločinačkog udruženja bio je, po tužiocima, tadašnji predsjednik Srbije Slobodan Milošević.
