Prema optužnici Tužilaštva BiH, Milovanović je kao pripadnik rezervnog sastava Stanice javne bezbjednosti (SJB) Skelani učestvovao u progonu bošnjačkog i romskog stanovništva i to deportacijom, prisilnim premještanjem i drugim nečovječnim djelima.
Optužnicu protiv Milovanovića Tužilaštvo BiH je podiglo u decembru prošle godine. Zajedno sa njim obuhvaćeni su Blagomir Jovanović zvani Mićo, Milenko Čanić zvani Čano, Stevan Lukić zvani Stevo, Dragojlo Filipović zvani Đido i Radomir Katanić zvani Rašo.
Sud BiH je prvo kompletnu optužnicu odbio, da bi nakon žalbe Tužilaštva BiH bila potvrđena samo tačka za progon protiv Milovanovića.
Ranije je Tužilaštvo BiH saopćilo da Milovanovića i ostale sumnjiči za napade na romsko i bošnjačko stanovništvo u kojima je ubijeno najmanje 40, a prognano 1.000 žrtava. Žrtve su fizički zlostavljanje, a njihova imovina spaljena.
