Odjel je osnovan uz pomoć međunarodne zajednice, koja je osim finansijske osigurala i stručnu pomoć. U početku su u sudskim vijećima bila po dvojica međunarodnih sudija i jedan iz naše zemlje. Sedam godina kasnije, u Odjelu za ratne zločine su ostali samo suci i drugo osoblje iz BiH.
Odjel za ratne zločine Suda BiH osudio je 140 osoba na 1.881 godinu zatvora.
U presudama su koristili utvrđene činjenice iz Međunarodnog krivičnog suda za bivšu Jugoslaviju (MKSJ/ICTY), te su presudili deset osoba čije slučajeve im je ustupio ovaj međunarodni sud.
Pred Odjelom za ratne zločine prihvaćeno je 26 sporazuma o priznanju krivice, nakon čega je izrečeno 229 godina zatvora.
Na početku rada, Odjel za ratne zločine primjenjivao je samo Krivični zakon BiH, koji je donesen 2003. godine. U kasnijim godinama, a posebno u posljednje dvije, sve više se za genocid i ratni zločin protiv civilnog stanovništva i ratnih zarobljenika primjenjuje zakon iz bivše Jugoslavije.
Do promjene u primjeni zakona je došlo nakon što je Evropski sud za ljudska prava prihvatio dvije apelacije i odlučio da je krivični zakon iz bivše Jugoslavije blaži za počinioca. Nakon toga je Ustavni sud BiH ukinuo 23 pravosnažne presude i ponovno je razmatrana visina kazne osuđenima.
Pred Odjelom za ratne zločine bilo je više od 6.800 svjedoka, od kojih su neki dobili zaštitne mjere sukladno Zakonu o zaštiti ugroženih i svjedoka pod prijetnjom.
Nekoliko prvih godina rada, Odjel za ratne zločine je određivao pritvor za osumnjičene i optužene kako bi osigurao njihovo prisustvo. U posljednje dvije godine praksa Suda BiH je da se češće određuju mjere zabrane nego pritvor.
Također, u početku rada Sud BiH je bio otvoreniji prema javnosti. Izdavali su se kompletni audio i video snimci sa suđenja. Praksa je promijenjena u zadnjih nekoliko godina i sada su medijima i javnosti dostupni snimci sa suđenja za ratne zločine u trajanju od deset minuta.
Sud BiH je također bio uveo anonimizaciju, stavljajući u presudama i drugim odlukama inicijale umjesto imena i prezimena optuženih i osuđenih osoba.
Nakon pritiska međunarodnih, nevladinih i drugih organizacija, anonimizacija je ukinuta.
