Djelimično uvažavajući žalbu branioca optuženog, Apelaciono vijeće Suda BiH je preinačilo prvostepenu presudu “u pravnoj ocjeni i pravnoj kvalifikaciji djela”, dok je visina kazne ostala ista – 11 godina zatvora.
U aprilu 2008. godine Kurtović je proglašen krivim za ratni zločin protiv civila, ratnih zarobljenika i kršenje zakona i običaja ratovanja, te mu je za svako od tih djela izrečena kazna.
Drugostepenom presudom Kurtović je osuđen za ratni zločin protiv civilnog stanovništva, te uništavanje kulturnih i historijskih spomenika, za što su mu utvrđene kazne od devet, odnosno tri godine zatvora, te jedinstvena kazna od 11 godina.
U ostalom dijelu prvostepena presuda je ostala neizmijenjena.
Kurtović je proglašen krivim po svih 11 tačaka optužnice, za zločine počinjene u oktobru 1993. godine nad vojnicima i civilima hrvatske nacionalnosti koji su bili zarobljeni u katoličkoj crkvi Svih Svetih u Donjoj Drežnici kod Mostara.
Nepravosnažno je osuđen da je, zajedno s drugim pripadnicima Armije BiH, učestvovao u mučenju, maltretiranju, seksualnom zlostavljanju i ponižavanju zatvorenika, kao i uništavanju vjerskog objekta u kojem su oni boravili.
