Ratkovića je Tužilaštvo BiH optužilo da je, kao pripadnik Vojske Republike Srpske (VRS), od juna 1992. do polovine januara 1993. u više navrata mučio, zlostavljao, silovao i premlaćivao jednu žensku osobu.
Kako stoji u saopćenju Tužilaštva BiH, oštećenoj su nanijete teške fizičke i psihičke povrede te ima trajne posljedice zlostavljanja, koje i danas osjeća.
U Okružnom tužilaštvu u Istočnom Sarajevu su pojasnili da je predmet vraćen Sudu BiH zbog ekonomičnosti i zaštite svjedoka s obzirom da se Ratkoviću već sudi u jednom predmetu pred tom institucijom.
Ratkoviću se u drugom postupku, zajedno s devet osoba, sudi za otmicu 20 civila iz voza u Štrpcima 27. februara 1993. godine koji su ubijeni na području Višegrada.
Za taj zločin Tužilaštvo BiH tereti, osim Ratkovića, Luku Dragičevića, Bobana Inđića, Obrada i Novaka Polugu, Dragana Šekarića, Olivera Krsmanovića, Petka Inđića, Radojicu Ristića i Miodraga Mitrašinovića.
Prema optužnici, Dragičević je bio komandant Druge podrinjske lake pješadijske brigade VRS-a, a Boban Inđić komandir Interventne čete ove brigade, dok su ostali optuženi bili pripadnici Interventne čete ili Prve čete Prvog bataljona Druge podrinjske lake pješadijske brigade VRS-a.
