Protiv njega je u ovoj instituciji donesena naredba o pokretanju istrage zbog nesavjesnog rada u službi.
Na njegovu poziciju je imenovana tužiteljica Ozrenka Nešković.
Prethodno je u Tužilaštvu BiH potvrđeno da provjeravaju navode o nestanku 55.000 maraka iz sudskog predmeta koji je vođen protiv Milorada Milakovića i drugih zbog organiziranja prostitucije. Milaković je 2004. godine postigao sporazum s Tužilaštvom BiH, ali zbog bjekstva nekih od optuženih, predmet nije zatvoren.
Nakon što je tužilac Oleg Čavka, koji je bio zadužen za slučaj “Milaković”, otišao na bolovanje, u novembru 2010. godine donesena je naredba da se predmet-novac koji je pohranjen u Tužilaštvu BiH izuzme s ciljem dostavljanja Sudu BiH.
Tu naredbu je potpisao tužilac Božo Mihajlović.
U Tužilaštvu BiH je također donesena naredba da se utvrdi da li je nestalo 70.000 maraka iz predmeta “Elipsa”.
Mihajlović je jedan od prva četiri tužioca koji je izabran u Tužilaštvo BiH odlukom Visokog sudskog i tužilačkog vijeća BiH u januaru 2003., a za rukovodioca Posebnog odjela za organizirani kriminal, privredni kriminal i korupciju imenovan je u martu 2010. godine.
“Objavljivanje ovog teksta je finansirano grantom Ministarstva vanjskih poslova Sjedinjenih Američkih Država (Department of State). Mišljenja, nalazi i zaključci koji su ovdje navedeni pripadaju autorima i ne odražavaju nužno mišljenja, nalaze i zaključke Ministarstva vanjskih poslova Sjedinjenih Američkih Država.“
