Kako se navodi u optužnici objavljenoj na službenoj stranici Javnog okružnog tužilaštva u Doboju, Mrkonjić je optužen da je u logorima u zgradi bivšeg Doma Jugoslovenske narodne armije i u vojnom skladištu Rabić od aprila do kraja juna 1992. godine narušavao tjelesni integritet, mučio i primjenjivao mjere zastrašivanja prema zatvorenim civilima srpske nacionalnosti koji nisu bili vojno angažovani, niti su učestvovali u vojnim operacijama.
Mrkonjiću se, prema optužnici, stavlja na teret da je zatvorene osobe fizički zlostavljao, odnosno tukao i mučio.
Prema jednoj tački iz optužnice, Mrkonjić je tokom maja i juna 1992. godine u vojnom skladištu Rabić u više navrata mučio zatvorena civilna lica srpske nacionalnosti, na način da je, s drugim, za sada nepoznatim pripadnicima HVO-a, tjerao zatvorenike da se skinu goli, zatim da stave tri prsta na betonsku ploču, nakon čega je nogama na kojima su se nalazile vojničke čizme gazio po prstima, a potom iste tukao palicama po leđima.
U drugoj tački se navodi i da je tokom aprila i maja 1992. godine u Rabiću, u više navrata, zatvorenike tukao palicom, kundakom puške, opasačem, strujnim kablom, rukama i nogama, te ih šamarao.
U narednom periodu trebalo bi biti zakazano ročište za izjašnjenje o krivnji.
